Početkom 1997. godine Rundek je objavio prvu samostalnu ploču ‘Apokalipso’ na kojoj se, usprkos žanrovskoj raznolikosti, u temama kao što su ‘Crni dusi’, ‘Štrajk željezničara’ (song iz predstave ‘Ne’ izvedene u Mostaru 1990. godine), ‘Šuvar i varivo’, ‘Za nas’, drži stila koji je njegovao s Haustorom. Naslovna pjesma je ujedno glazbena tema istoimene predstave teatra ITD koju je režirala Rundekova supruga Sanda Hržić. Ploču su producirali Rundek i Davor Rocco, a svirali su provjereni suradnici: Damir Prica (sax), Boris Leiner (bubnjevi), Jurij Novoselić (sax), Nikola Santro (trombon). Uz brojne navedene projekte u kojima je Darko Rundek sudjelovao, ne smije se preskočiti ploča Rade Šerbedžije “Mnoge smo i mnogo voljeli” na kojoj se nalazi genijalna, a malo poznata, pjesma ‘Na nešto me sjeća taj grad’, koju su njih dvojica otpjevali zajedno s Arsenom Dedićem. U prvoj polovici 2000. godine Rundek je objavio i drugi solo album pod nazivom ‘U širokom svijetu’. Na prvo slušanje ova ploča odudara od gotovo svega što je Haustor radio, a u velikoj mjeri i od ‘Apokalipsa’. Izbor pjesama ponovo pokriva ogroman spektar različitih žanrova: od obrade ‘Ay Carmela’, pjesme iz španjolskog građanskog rata, preko zarazne ‘Uspomene’, dijelom otpjevane na francuskom, do tradicionala ‘Ljubav se ne trži’ (istu stvar su obradile i Vještice na jednom od svojih albuma). Album je dobio odlične kritike. Krajem 2000. godine, točnije od 20. do 22. prosinca, Rundek je sa svojim bendom (Gulić, Santro, Pavlica,…) održao tri povijesna koncerta u beogradskom SKC-u i Hali sportova, kao prva značajnija grupa iz Hrvatske koja je poslije rata došla u Srbiju. Koncerti su završavani posvetom Milanu Mladenoviću i pjesmom ‘Ona se budi’. Naredne godine Rundek nastupa na novosadskom festivalu EXIT i postaje miljenik tamošnje publike te se pojavljuje i na naredna dva EXIT-a. U jesen 2002. godine objavljuje i treći solo album pod nazivom ‘Ruke’. Promotivna turneja je obuhvatila gotovo čitavu bivšu Jugoslaviju i završava se sa šest zbilja trijumfalnih koncerata u beogradskom SKC-u. Sa te turneje svakako treba izdvojiti i zagrebački koncert održan u Tvornici koja je taj put bila pretijesna da primi sve zainteresirane. Novi album predstavlja nastavak Rundekovih istraživanja i donosi s jedne strane vrlo hermetične i izuzetne naslove poput ‘Kube’, ‘Iste slike’, ‘Mlin reggaea’, a sa druge lako slušljive hitove kao sto su ‘Makedo’ ili ‘Ruke’. Album je prodan u izuzetno velikom tiražu. U proljeće 2003. godine Rundek formira novi bend, Rundek Cargo Orkestar, pretežno od glazbenika s kojima je snimio ‘Ruke’ i s njim odlazi na turneju po Hrvatskoj, Bosni, Srbiji, Crnoj Gori. U sklopu te turneje održano je i 7 zagrebačkih koncerata koji su činili ‘Plavu turneju’, a na kojoj je nastao album ‘Zagrebačka magla’. Pred ljeto 2004. Berlinska diskografska kuća Piranha Music izdaje neznatno promijenjenu verziju ‘Ruku’ potpisanu sa Darko Rundek & Cargo Orkestar i pušta CD u svjetsku distribuciju. Album se pojavljuje među prvih deset na najvažnijim world-music top listama i doživljava odlične kritike (Songlines, Observer, Sunday Herald, Nouvel Observateur i drugi). ‘Zagrebačka magla’ dvostruki je live album sniman na takozvanoj ‘Plavoj turneji’ koja je obuhvatila sedam tematskih večeri, redom u Zagrebu, (Multimedijalni happening Pretovar u Gliptoteci JAZU, Umba Lumba Baa u Klubu Studentskog centra, Plavi cabaret u Teatru Exit, Najbolja zabava u gradu u dvorani Pauk, Live on 101 na Radiju 101, Isabel svira Bacha u velikom foajeu HNK i Polukružnoj dvorani Teatra ITD). Album obiluje gostima, među kojima su Jasna Bilušić, Žan Jakopač, Dino Šaran, Damir Prica-Capri, Žarko Hajdarhodžić i Mance, a prikazuje Rundeka “u tranziciji” ka višejezičnosti i apsolutnom glazbenom eksperimentu. U svibnju 2006. godine izlazi novi studijski album Rundek Cargo Orkestra ‘Mhm A-ha Oh Yeah Da-Da’ za kojeg Darko kaže: “Nisam ekonomist i ne razmišljam u relacijama tržišta, da ne bi netko pomislio da su višejezične zbog internacionalnog plasiranja albuma. Mi glazbom i pjesmom pokušavamo izraziti doživljaj vlastite situacije, poigravamo se s njom i istražujemo mjesta na kojima se prepoznaje nešto univerzalno. Tu su se razni jezici pojavili sami od sebe, valjda zato što su svakodnevno prisutni u mom životu. Mene su formirali Hrvatska i Jugoslavija, i to se sigurno osjeća u pjesmama, ali se obraćam publici koja živi u svijetu lako propusnih granica, vodeći bend čiji članovi nose putovnice šest nacija, a neki i po dvije. Svijet se brzo mijenja…”. U lipnju 2008. godine Kazalište Ulysses pod vodstvom legendarnog Rade Šerbedžije i Darka Rundeka na Brijunima je izvelo premijernu izvedbu predstave ‘Balade Petrice Kerempuha’. Darko Rundek osim što potpisuje režiju zajedno sa Radom Šerbedžijom, potpisuje i glazbu za predstavu koju je skladao sa Isabel iz svog Cargo Orkestra. U predstavi glume i pjevaju: Vili Matula, Mladen Vasary, Maja Posavec, Darko Rundek, Isabel, Peđa Gvozdić i Rade Šerbedžija. U prosincu 2008. godine izlazi album ‘Live u Domu omladine’ – snimka koncerta Darka Rundeka i Cargo Orkestra održanog u Domu omladine u Beogradu 25.3.2007. godine. Taj je koncert održan u sklopu turneje ‘Svitanja’, koja je obuhvatila četiri koncerta u Beogradu (Pozorište Terazije, SKC, Dom omladine i Dom sindikata) i koncerte u Novom Sadu, Pančevu, Kragujevcu i Nišu. Turneja je nazvana ‘Svitanja’ iz dva razloga. Prvi, jer je promovirala zadnji album ‘MHM A-HA OH YEAH DA-DA’, na kojem posljednja pjesma nosi taj naslov; drugi, koji je povezan i sa sadržajem te pjesme, svaki je koncert osvanuo nov i drugačiji. Rundek Cargo Trio u prosincu 2010. godine izdaje album ‘Plavi avion’ čiji je najavni singl ‘Para ljude vara’ objavljen sredinom rujna 2010. godine. Osim što je to naslov jedne od pjesama na albumu, ‘Plavi avion’ (Blue Plain) asocira na svojevrstan visinski blues. Taj naslov više govori o duhu nego o glazbenoj formi albuma. Na njemu je 12 pjesama, dugačkih i kratkih, veselih i tužnih, ozbiljnih i smiješnih – rundekovskih. I puno uzbudljive svirke! Na proljetnoj turneji 2011. godine (po Srbiji, Crnoj gori, Sloveniji, Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini) ‘Plavi avion’ Rundek Cargo Trio predstavljao je istoimeni album te je redovito izazivao ovacije i višestruke pozive na bis. Album ‘Plavi avion’ je, osim publike, osvojio i struku koja ga je nominirala za diskografsku nagradu Porin u kategoriji alternativnog rocka..